Direktorat Regional II mempunyai tugas menyelenggarakan koordinasi dan perumusan kebijakan, sinkronisasi pelaksanaan kebijakan, pemantauan, evaluasi dan pengendalian, serta penyusunan prakarsa strategis pembangunan lintas sektor perencanaan pembangunan nasional di bidang perbatasan dan transmigrasi, serta wilayah Pulau Kalimantan, Sulawesi, dan Nusa Tenggara Barat.