Direktorat Regional III mempunyai tugas menyelenggarakan koordinasi dan perumusan kebijakan, sinkronisasi pelaksanaan kebijakan, pemantauan, evaluasi dan pengendalian, serta penyusunan prakarsa strategis pembangunan lintas sektor perencanaan pembangunan nasional di bidang kawasan strategis dan daerah tertinggal, serta wilayah Provinsi Nusa Tenggara Timur, Maluku, Maluku Utara, Papua, dan Papua Barat.